根据“教育部、国务院学位委员会关于批准2009年全国优秀博士学位论文的决定”（教研[2009]4号），2009年全国共评出98篇优秀博士学位论文，363篇全国优秀博士学位论文提名论文。我校三篇优秀博士论文喜获“全国百篇优秀博士学位论文”，六篇论文获评全国优秀博士学位论文提名论文。
三篇优秀博士论文分别是水力学与山区河流开发保护国家重点实验室水力学及河流动力学专业杨克君博士的学位论文《复式河槽水流阻力及泥沙输移特性研究》（指导老师：曹叔尤教授），华西第二医院临床医学专业李征宇博士的学位论文《人子宫内膜癌比较蛋白质组学研究及癌相关蛋白Cyclophilin A的表达与功能验证》（指导老师：赵霞教授），华西口腔医学院口腔医学专业王智博士的学位论文《口腔黏膜癌变相关分子蛋白组学分析及RACK1蛋白表达验证和功能研究》（指导教师：陈谦明教授）。
六篇优秀博士学位论文提名论文分别是宗教学研究所周治博士的《上阳子陈致虚生平及思想研究》（指导教师：李刚教授），文学与新闻学院尹锡南博士的《英语世界中的印度书写：以十九世纪以来的英国作家为例》（指导教师：曹顺庆教授），数学学院宋恩彬博士的《信息融合与处理中几个问题的进展》（指导教师：朱允民教授），生命科学学院牛向丽博士的《禾谷类作物甜菜碱合成途径基因的转录后加工及其特征的研究》（指导教师：刘永胜教授），高分子科学与工程学院谭鸿博士的《新型生物医用聚氨酯的合成、结构与性能研究》（指导教师：傅强教授），化学工程学院谢锐博士的《温度响应与分子识别型智能核孔膜的制备与性能研究》（指导教师：褚良银教授）。
评选全国优秀博士学位论文是提高研究生培养质量，鼓励创新，促进高层次创新人才脱颖而出的重要措施。教育部和国务院学位委员会要求各学位授予单位要以优秀论文评选为契机，在研究生中大力倡导科学严谨的学风和勇攀高峰的精神，鼓励研究生刻苦学习，勇于创新；要采取切实可行的措施，加强学科建设，完善质量保证和监督机制，全面提高我国研究生培养质量，为实施科教兴国战略做出新的贡献。
